- Fibrose: como complicação cirúrgica, ocorre após a retirada da prótese, principalmente após infecção dos corpos cavernosos, dificultando a colocação de nova prótese. A recuperação exige extensa excisão do tecido cicatricial e, às vezes, reconstrução da albugínea com material sintético.

- Insatisfação com a espessura, tamanho e rigidez do pênis: o paciente deve ser orientado no pré-operatório sobre o fato de que a prótese reproduz uma ereção semelhante, mas não igual à fisiológica. Variações de comprimento e espessura são normais. A compressão da glande contra o púbis é um bom teste para avaliarmos a rigidez. Também é importante a escolha adequada do diâmentro das próteses. Pênis excessivamente longos implantados com próteses finas resultam em ereções deficientes. Outras vezes, o implante de próteses muito grossas dificulta a rafia dos corpos cavernosos e produz dor. Em alguns casos é necessária a utilização de prótese inflável para produzir uma ereção adequada.

- Dor persistente: dor persistente após dois meses pode ser devida a infecção subclínica ou a tamanho da prótese. Pacientes com neuropatia, especialmente diabéticos, às vezes experimentam dor mais intensa e prolongada do que os não-neuropatas. Quando a dor não é devida a infecção, pode ser controlada com o uso de analgésicos, e geralmente a prótese pode ser mantida.

- Edema prolongado e balanite: às vezes ocorre edema prolongado após inserção de prótese. Se houver prepúcio muito longo, poderá ser necessária uma circuncisão.

- Infecção: é a principal e a mais temida complicação, pois muitas vezes obriga à retirada da prótese, leva à fibrose dos corpos cavernosos e torna muito difícil uma nova cirurgia. O novo implante terá maior risco de infecção em relação ao anterior. A incidência de infecção é estimada em torno de 2% para próteses semi-rígidas, mas em nenhum caso deve ultrapassar 3%. Náo há consenso se os pacientes diabéticos ou renais crônicos têm risco maior de infecção, mas quando ela ocorre seu tratamento é mais difícil. Infecções superficiais normalmente respondem a tratamento conservador com antibióticos e eventual drenagem. Infecções profundas requerem a retirada da prótese com ou sem lavagem e irrigação dos corpos cavernosos. Um novo implante pode ser feito somente após alguns meses. Quase sempre será necessária uma prótese manor e mais curta devido a fibrose. Alternativamente, pose-se tentar uma cirurgia de resgate imediato, reimplantando-se uma nova prótese após a retirada do implante infectado, identificação do germe, tratamento com antibióticos específicos e irrigação dos corpos cavernosos. É importante nesses casos a troca dos campos e do material cirúrgico antes do novo implante. Tal procedimento geralmente não é recomendado quando há erosão da prótese para o exterior ou condições associadas, como diabete descompensado ou sepse sistêmica.

- Defeitos mecânicos das próteses: ruptura da cordoalha metática das próteses semi-rígidas é uma complicação pouco frequente, e quando ocorre implica em substituição da haste. Perda de líquido pelas conexões e mal funcionamento da bomba das próteses infláveis obrigam à troca do componente defeituoso ou de toda a prótese.